В настоящее время в музее работает одиннадцать залов, в которых представлены представлены археологические материалы древнесогдийской эпохи, эллинистического периода, материалы эпохи Кангюй и Кушан I-IV века нашей эры, археологические материалы V-VIII веков, материалы связанные с погребальным обрядом зороастрийцев.
Одним из примечательных экспонатов является уникальные сохранившиеся фрески самаркандского дворца, принадлежащего династии Ихшидов (VII-VIII века).  

Всего в музее на сегодняшний день представлено более  двух тысяч экспонатов.
  
Взору посетителей музея открываются уникальные его экспонаты - оссуарии, фрагменты древних клинков, элементы ножей и стрел, монеты, керамические изделия, терракотовые статуэтки, ювелирные украшения.